Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
RPF1Q9H9Y2 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.65■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
RPF1Q9H9Y2 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
RPF1Q9H9Y2 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms