Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.33■■□□□ 1.81
TRERF1Q96PN7 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC26.32■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TRERF1Q96PN7 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
TRERF1Q96PN7 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.1 ms