Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	RSM23	YGL129C	1353 nt		5.15	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	APC4	YDR118W	1959 nt		5.15	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	SVF1	YDR346C	1446 nt		5.14	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	RAD30	YDR419W	1899 nt		5.14	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	YDL012C	YDL012C	324 nt		5.14	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	TYW3	YGL050W	822 nt		5.14	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	YJL193W	YJL193W	1209 nt		5.14	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	RPL15B	YMR121C	615 nt		5.14	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	CIN5	YOR028C	888 nt		5.14	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	YPL014W	YPL014W	1146 nt		5.14	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	ABZ1	YNR033W	2364 nt		5.14	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	RML2	YEL050C	1182 nt		5.13	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	BUR6	YER159C	429 nt		5.13	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	OSW5	YMR148W	447 nt		5.13	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	GDT1	YBR187W	843 nt		5.13	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	ROT2	YBR229C	2865 nt		5.13	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	RSC6	YCR052W	1452 nt		5.13	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	ATG32	YIL146C	1590 nt		5.12	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	FAP1	YNL023C	2898 nt		5.12	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	RRN3	YKL125W	1884 nt		5.12	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	snR32	snR32	188 nt		5.12	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	UTP6	YDR449C	1323 nt		5.12	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	STB3	YDR169C	1542 nt		5.12	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	YDR133C	YDR133C	336 nt		5.11	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	COX17	YLL009C	210 nt		5.11	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	CTR3	YLR411W	726 nt		5.11	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	SEC17	YBL050W	879 nt		5.11	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	ICY2	YPL250C	411 nt		5.11	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	PWP1	YLR196W	1731 nt		5.11	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	FRE7	YOL152W	1863 nt		5.11	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	SIA1	YOR137C	1869 nt		5.11	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	BUD14	YAR014C	2130 nt		5.11	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	SLD2	YKL108W	1362 nt		5.1	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	YMR196W	YMR196W	3267 nt		5.1	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	HER2	YMR293C	1395 nt		5.1	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	NUP1	YOR098C	3231 nt		5.1	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	TAH18	YPR048W	1872 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	BUD22	YMR014W	1560 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	GWT1	YJL091C	1473 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	RAD57	YDR004W	1383 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	RPT2	YDL007W	1314 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	HIR2	YOR038C	2628 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	UBI4	YLL039C	1146 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	ADD37	YMR184W	597 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	SOL1	YNR034W	966 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	YPL278C	YPL278C	303 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	SUP35	YDR172W	2058 nt		5.09	□□□□□ -1.59
SHP1	P34223	SSH4	YKL124W	1740 nt		5.09	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	LAP2	YNL045W	2016 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	TUB3	YML124C	1338 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	ASP1	YDR321W	1146 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YEL028W	YEL028W	462 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	RHO3	YIL118W	696 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	RFC2	YJR068W	1062 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	NMD4	YLR363C	657 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YGP1	YNL160W	1065 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	NOP13	YNL175C	1212 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	LYP1	YNL268W	1836 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	MCX1	YBR227C	1563 nt		5.08	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	PRO2	YOR323C	1371 nt		5.07	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	SKI8	YGL213C	1194 nt		5.07	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	ARP1	YHR129C	1155 nt		5.07	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	DCD1	YHR144C	939 nt		5.07	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	MAC1	YMR021C	1254 nt		5.07	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YET2	YMR040W	483 nt		5.07	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YNG1	YOR064C	660 nt		5.07	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	CTR1	YPR124W	1221 nt		5.07	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	VTC2	YFL004W	2487 nt		5.07	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	GCN20	YFR009W	2259 nt		5.07	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	EIS1	YMR031C	2532 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	MNN2	YBR015C	1794 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	LCB2	YDR062W	1686 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	ISR1	YPR106W	1332 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	GIP2	YER054C	1647 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YNL095C	YNL095C	1929 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YLR157W-D	YLR157W-D	213 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	SPG4	YMR107W	348 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	snR10	snR10	245 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YPR071W	YPR071W	636 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	QCR2	YPR191W	1107 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	CBF5	YLR175W	1452 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	RTC5	YOR118W	1704 nt		5.06	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	MST1	YKL194C	1389 nt		5.05	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	ELP2	YGR200C	2367 nt		5.05	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	DPH6	YLR143W	2058 nt		5.05	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	UBA1	YKL210W	3075 nt		5.05	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YGR066C	YGR066C	879 nt		5.05	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YBL029W	YBL029W	1131 nt		5.05	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	SPN1	YPR133C	1233 nt		5.05	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	DUR1,2	YBR208C	5508 nt		5.05	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	MRE11	YMR224C	2079 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	SSB2	YNL209W	1842 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	GAD1	YMR250W	1758 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	DHH1	YDL160C	1521 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	YDR396W	YDR396W	501 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	PHM8	YER037W	966 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	RPL28	YGL103W	450 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	SUT1	YGL162W	900 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	RPL43B	YJR094W-A	279 nt		5.04	□□□□□ -1.6
SHP1	P34223	NCE103	YNL036W	666 nt		5.04	□□□□□ -1.6

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