Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
HOXD3P31249 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC17.56■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC17.53■□□□□ 0.4
HOXD3P31249 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms