Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 WDR20-203ENST00000335263 2616 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 CCHCR1-201ENST00000376266 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 CDKL3-206ENST00000521118 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 FUNDC2-201ENST00000369498 6455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 RALY-AS1-203ENST00000440595 660 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 GPR53P-205ENST00000457298 1084 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 KLF3-AS1-204ENST00000505240 567 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AP006333.2-201ENST00000544948 732 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 PPY2P-201ENST00000582808 702 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 PPY2P-202ENST00000583761 657 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 DMAC2-208ENST00000589970 979 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 DMAC2-215ENST00000597457 492 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 ZACNP1-201ENST00000612259 710 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 IRF2BP2-201ENST00000366609 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 ARFGAP1-203ENST00000370283 3281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 GRK6-211ENST00000528793 2571 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 STRA6-205ENST00000432245 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 ARMCX1-201ENST00000372829 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 HECW1-203ENST00000453890 5169 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 ITPK1-207ENST00000555495 3035 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 MED20-201ENST00000265350 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 ELK1-201ENST00000247161 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 TRAK1-203ENST00000396175 5033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 F10-203ENST00000409306 1450 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 KCTD10-208ENST00000540089 3096 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 SPACA9-203ENST00000372136 2536 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 PAX8-AS1-204ENST00000436293 2687 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 DUSP23-202ENST00000368108 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 CSAG1-202ENST00000370287 875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC099336.1-201ENST00000417053 1171 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC092614.1-201ENST00000419640 909 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AP000911.1-202ENST00000532706 543 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AL590644.3-201ENST00000635428 1228 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 FOS-201ENST00000303562 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 LINC00163-201ENST00000434081 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 UNQ6494-202ENST00000617436 2163 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 SPIDR-201ENST00000297423 3988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 ITGB2-208ENST00000397857 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 CAP2-206ENST00000489374 1430 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 ECHDC1-220ENST00000528402 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 TBC1D1-201ENST00000261439 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 MBD4-201ENST00000249910 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 RPUSD2-201ENST00000315616 2358 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 MYH7-201ENST00000355349 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 CLCN1-201ENST00000343257 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 TXNDC5-204ENST00000473453 1301 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AC007388.1-204ENST00000449569 2517 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 LINC00667-206ENST00000582363 2935 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 AP000550.1-201ENST00000420508 4833 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 CAMK2A-203ENST00000398376 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HDAC4P56524 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 THSD4-201ENST00000261862 3133 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 GREM1-202ENST00000560830 2648 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TJP3-207ENST00000589378 3068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 DMTN-205ENST00000432128 2508 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 UHRF1-204ENST00000616255 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
HDAC4P56524 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms