| CLN3 | Q13286 | AC105137.3-201 | ENST00000617588 | 984 nt | BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC025262.2-201 | ENST00000623975 | 1056 nt | BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | LINC01670-203 | ENST00000624859 | 977 nt | TSL 3 BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC005618.3-201 | ENST00000624928 | 458 nt | BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ZNF84-202 | ENST00000392319 | 7020 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | SLC44A3-209 | ENST00000532427 | 1912 nt | TSL 2 BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | SLC17A9-201 | ENST00000370349 | 2594 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | CCDC59-201 | ENST00000256151 | 1983 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | C18orf25-206 | ENST00000619301 | 5264 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | TAGLN3-201 | ENST00000273368 | 1349 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | TMEM177-202 | ENST00000401466 | 1346 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | VSIG10L-201 | ENST00000335624 | 3397 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | API5-202 | ENST00000420461 | 2009 nt | TSL 2 BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | PAQR8-202 | ENST00000442253 | 4738 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | CLIC5-208 | ENST00000544153 | 2051 nt | TSL 2 BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | LINC00887-202 | ENST00000414120 | 2880 nt | TSL 3 BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | VAC14-202 | ENST00000536184 | 2161 nt | TSL 2 BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | KCNC2-209 | ENST00000550433 | 2931 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | TMEM40-204 | ENST00000435218 | 1547 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | NACC2-201 | ENST00000277554 | 6899 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | SLC2A13-202 | ENST00000380858 | 3082 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | SRD5A2-201 | ENST00000622030 | 4648 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | LINC00665-205 | ENST00000585356 | 1557 nt | TSL 2 BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC126755.1-201 | ENST00000525846 | 6405 nt | BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | COQ8B-202 | ENST00000324464 | 2443 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | NKX3-1-201 | ENST00000380871 | 3271 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | TMEM258-207 | ENST00000543510 | 1692 nt | TSL 2 BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | MPP6-201 | ENST00000222644 | 8452 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.79 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ADCYAP1R1-204 | ENST00000409489 | 1761 nt | TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | CRAT-201 | ENST00000318080 | 2763 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | RMND1-202 | ENST00000367303 | 1854 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ZBED1P1-201 | ENST00000502364 | 1930 nt | BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ILF2-205 | ENST00000615950 | 1906 nt | TSL 2 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | INPP5D-201 | ENST00000359570 | 5274 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | OSBP2-201 | ENST00000332585 | 4340 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ACP2-201 | ENST00000256997 | 2203 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | CGGBP1-201 | ENST00000309534 | 4495 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | DHX40-202 | ENST00000425628 | 2255 nt | TSL 2 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ATP6AP2-217 | ENST00000636580 | 2337 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | SCNN1A-221 | ENST00000543768 | 2361 nt | APPRIS ALT2 TSL 2 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AFAP1-201 | ENST00000358461 | 7516 nt | APPRIS P3 TSL 2 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | C8G-201 | ENST00000224181 | 855 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | CASK-202 | ENST00000378158 | 3848 nt | TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | NACA-202 | ENST00000393891 | 1059 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | MNX1-AS2-201 | ENST00000429228 | 374 nt | TSL 3 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC116609.2-201 | ENST00000431542 | 256 nt | TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | LYPLA2P1-203 | ENST00000447689 | 696 nt | BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | RPS6KA2-AS1-201 | ENST00000455390 | 627 nt | TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | KLHDC8A-203 | ENST00000460687 | 1022 nt | TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | PPOX-204 | ENST00000462866 | 473 nt | TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | RN7SL81P-201 | ENST00000493781 | 261 nt | BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | LINC02380-201 | ENST00000510956 | 1038 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | TMCO5B-205 | ENST00000530020 | 894 nt | BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | GMDS-AS1-212 | ENST00000534160 | 720 nt | TSL 3 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC025154.2-201 | ENST00000550530 | 445 nt | TSL 3 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC024361.2-201 | ENST00000574471 | 898 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | RN7SL718P-201 | ENST00000581254 | 303 nt | BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ZNF772-207 | ENST00000601768 | 482 nt | TSL 3 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC084781.1-201 | ENST00000613737 | 656 nt | BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | HIST1H2BE-201 | ENST00000614097 | 497 nt | APPRIS P1 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC004706.3-207 | ENST00000634823 | 977 nt | TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | UBE2D1-204 | ENST00000615793 | 2621 nt | TSL 2 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | RAMP3-201 | ENST00000242249 | 1323 nt | APPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | CNGB1-201 | ENST00000251102 | 5641 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | CDH15-201 | ENST00000289746 | 2847 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | MIR762HG-203 | ENST00000570025 | 1429 nt | TSL 2 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ADAMTSL4-204 | ENST00000369041 | 2908 nt | TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | LINC01229-201 | ENST00000561510 | 1494 nt | TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | PRSS50-201 | ENST00000460241 | 2960 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | CD48-203 | ENST00000613788 | 1500 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | TEX28-203 | ENST00000617225 | 1525 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | SYBU-205 | ENST00000422135 | 3226 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | NTM-205 | ENST00000425719 | 1607 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | LINC00513-201 | ENST00000447430 | 1616 nt | TSL 5 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | PRODH2-201 | ENST00000301175 | 1677 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | UBXN2B-201 | ENST00000399598 | 5068 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | MAPT-204 | ENST00000344290 | 6816 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | DDX19A-202 | ENST00000417604 | 1703 nt | TSL 2 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ALAS2-202 | ENST00000335854 | 1795 nt | TSL 2 BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | SALL4P5-201 | ENST00000419001 | 1760 nt | BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | HHIP-202 | ENST00000434550 | 1770 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | C3orf33-205 | ENST00000534941 | 1804 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AMHR2-201 | ENST00000257863 | 1863 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | AC105250.1-201 | ENST00000509378 | 2057 nt | BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | MAPK3-212 | ENST00000484663 | 2567 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.78 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | TRIM46-203 | ENST00000368383 | 2666 nt | TSL 5 BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ZNF324B-201 | ENST00000336614 | 2996 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | FBXL5-201 | ENST00000341285 | 3385 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | APAF1-203 | ENST00000359972 | 7029 nt | APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ITPRIPL2-201 | ENST00000381440 | 7247 nt | APPRIS P1 BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | ZFPM2-201 | ENST00000407775 | 4700 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | BRD2-202 | ENST00000374831 | 4807 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.2 | | |
| CLN3 | Q13286 | CEP128-201 | ENST00000216517 | 1606 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.21 | | |
| CLN3 | Q13286 | SERPINF1-201 | ENST00000254722 | 1548 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.21 | | |
| CLN3 | Q13286 | ASCL1-201 | ENST00000266744 | 2472 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.21 | | |
| CLN3 | Q13286 | FGF11-201 | ENST00000293829 | 3063 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.21 | | |
| CLN3 | Q13286 | TUBB-206 | ENST00000330914 | 2632 nt | TSL 2 BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.21 | | |
| CLN3 | Q13286 | DGAT2L6-201 | ENST00000333026 | 1553 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.21 | | |
| CLN3 | Q13286 | EGFR-203 | ENST00000344576 | 2864 nt | TSL 1 (best) BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.21 | | |
| CLN3 | Q13286 | RNA5SP359-201 | ENST00000364838 | 113 nt | BASIC | 13.77 | □□□□□ -0.21 | | |