Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SCD5-202ENST00000319540 3101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 HIF3A-202ENST00000244303 2250 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ATE1-201ENST00000224652 4930 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 HS6ST3-201ENST00000376705 7804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 JPH3-201ENST00000284262 3985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MGRN1-202ENST00000399577 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 PLIN4-202ENST00000633942 6484 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 RASGEF1C-202ENST00000393371 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LINC02538-201ENST00000609107 4569 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ADAM17-204ENST00000618923 1881 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CNKSR2-203ENST00000425654 5668 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SMC5-201ENST00000361138 5980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CBFA2T3-202ENST00000327483 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MAOB-201ENST00000378069 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LINC01873-201ENST00000428647 1679 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AJ271736.1-201ENST00000483543 773 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TMEM198B-204ENST00000484016 896 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ZC3HAV1-203ENST00000464606 4776 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TIGD1-201ENST00000408957 2625 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SACM1L-201ENST00000389061 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 HELZ2-204ENST00000467148 8064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 NFE2L2-202ENST00000397063 2651 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 PLCD1-204ENST00000463876 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ABLIM2-213ENST00000514025 2974 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 THBD-201ENST00000377103 4109 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 NDNF-201ENST00000379692 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 Z82170.1-201ENST00000625081 3192 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MCRIP1-207ENST00000574190 2775 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 IL20RA-207ENST00000541547 3382 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TBC1D8B-203ENST00000357242 5717 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 DDO-202ENST00000368924 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ATP8B3-201ENST00000310127 5095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 DAGLB-201ENST00000297056 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TNK1-207ENST00000576812 3023 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 JARID2-202ENST00000397311 5595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 PYROXD2-201ENST00000370575 2028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CFAP65-203ENST00000409865 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 USP44-203ENST00000537435 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AC026471.2-201ENST00000569782 655 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 GNAS-215ENST00000371102 3438 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP10-201ENST00000336498 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 UQCC1-204ENST00000374384 2201 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 C7orf57-204ENST00000435376 1925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 C7orf57-206ENST00000539619 1927 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 CD48-201ENST00000368045 1793 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 TYK2-210ENST00000529370 3176 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ZNF618-207ENST00000615615 9289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 GAD2-203ENST00000376261 5858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ADCY8-202ENST00000377928 3363 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 ZNF202-206ENST00000529691 3384 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 B4GALT6-201ENST00000237019 2128 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 AP5Z1-201ENST00000348624 2901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SLC1A7-202ENST00000371494 2637 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 RGS9-210ENST00000635833 2308 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 FRZB-201ENST00000295113 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
CCDC39Q9UFE4 KCNAB2-219ENST00000602612 2396 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms