Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 MST1-202ENST00000449682 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TERT-201ENST00000310581 4018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MARK2-206ENST00000425897 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FGFR1-204ENST00000356207 3824 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TRIT1-214ENST00000537440 2026 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PITRM1-206ENST00000451104 3183 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RCAN2-203ENST00000371374 3327 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC079447.1-201ENST00000424491 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NCKAP5L-201ENST00000335999 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SFXN3-202ENST00000393459 3098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CICP17-201ENST00000418553 2377 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PXDNL-201ENST00000356297 4805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MAP2K4-201ENST00000353533 3826 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RPS6KA4-202ENST00000528057 3121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PATL2-201ENST00000434130 1950 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LINC00882-204ENST00000484698 2718 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PDE8A-203ENST00000394553 3912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 GAL-201ENST00000265643 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ZBTB2-201ENST00000325144 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 USP33-202ENST00000370792 2917 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RNA5SP421-201ENST00000516864 134 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NAPSB-201ENST00000525179 678 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC138466.1-201ENST00000535242 391 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PIGH-209ENST00000559581 1049 ntTSL 4 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LINC00928-204ENST00000561201 1123 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MKRN2-201ENST00000170447 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SYT5-201ENST00000354308 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MYH11-211ENST00000576790 6272 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CPSF7-201ENST00000340437 3695 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC010247.2-201ENST00000559786 1955 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LIPA-202ENST00000336233 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ABCC9-203ENST00000326684 1693 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CROT-203ENST00000419147 2959 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SLC37A4-216ENST00000538950 2032 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CACNA2D1-201ENST00000356253 3858 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ZNF362-201ENST00000373428 2936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ZNF718-202ENST00000609714 2772 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RBPMS-202ENST00000320203 3110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SCGN-201ENST00000334979 704 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC099552.2-201ENST00000418523 456 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 MSC-AS1-204ENST00000518916 864 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC011491.2-201ENST00000599584 447 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CU634019.7-201ENST00000624153 1185 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 NIPA1-201ENST00000337435 6567 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FAM213A-203ENST00000372187 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TRIM23-202ENST00000274327 1829 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 C1orf228-218ENST00000458657 1818 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 KIFC3-204ENST00000465878 3225 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PARP3-203ENST00000431474 2360 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 DENND1C-202ENST00000543576 2395 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 GPR84-202ENST00000551809 2041 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PHTF1-204ENST00000369604 3273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CAMKK2-209ENST00000446440 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SGCZ-201ENST00000382080 2234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PLTP-203ENST00000372431 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 VAC14-AS1-201ENST00000398177 2145 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 NUTM2G-201ENST00000354649 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 HADH-202ENST00000403312 1752 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 PRKD1-209ENST00000616995 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RMDN3-201ENST00000260385 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 INTS14-201ENST00000313182 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 FZD6-206ENST00000523739 2774 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 RILPL1-202ENST00000376874 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 CMA1-202ENST00000250378 937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
LIMA1Q9UHB6 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.4 ms