Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SRD5A2-201ENST00000622030 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SLC38A5-213ENST00000620913 1993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 KHNYN-201ENST00000251343 6725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PODNL1-204ENST00000538517 2744 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MROH6-201ENST00000398882 3469 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PNPLA3-203ENST00000423180 2222 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SLCO6A1-207ENST00000513675 1611 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SBF1P1-201ENST00000444527 5631 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 TMBIM1-201ENST00000258412 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PPP3CB-201ENST00000342558 2418 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 HIPK3-203ENST00000456517 7399 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SRPK1-204ENST00000373825 4592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 BAG1-210ENST00000634734 3786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 NUDT1-203ENST00000356714 662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PSMB5-202ENST00000361611 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 NUDT1-204ENST00000397046 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 LINC01806-201ENST00000436506 765 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC093151.3-202ENST00000445073 709 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PPP2R1A-209ENST00000477989 444 ntTSL 3 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PMP22-206ENST00000494511 872 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PRSS30P-205ENST00000506153 699 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 LINC02212-201ENST00000515243 2130 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MBP-227ENST00000526111 581 ntTSL 4 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AL353770.1-201ENST00000614915 403 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 LINC01672-205ENST00000635092 633 ntTSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 NAP1L6-202ENST00000641404 1222 ntBASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC090515.2-201ENST00000500929 1396 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 CALCOCO2-211ENST00000508679 1396 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PCDHA9-202ENST00000532602 6293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 GPBAR1-203ENST00000521462 1465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 USP35-203ENST00000529308 4216 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.05■□□□□ 0
USP39Q53GS9 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MARC1-201ENST00000366910 7439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
USP39Q53GS9 RPP14-202ENST00000445193 7985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
USP39Q53GS9 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ 0
USP39Q53GS9 OR1J1-201ENST00000259357 969 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 C6orf52-201ENST00000259983 619 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 SPDYE4-201ENST00000328794 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 RAB36-202ENST00000341989 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AC090857.1-201ENST00000527400 390 ntBASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 LINC01229-204ENST00000568751 720 ntTSL 3 BASIC15.05■□□□□ -0
USP39Q53GS9 AL358472.3-201ENST00000608147 415 ntBASIC15.05■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 6.9 ms