Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC106047.2-201ENST00000511723 743 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC003006.1-202ENST00000594684 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MIR6746-201ENST00000620971 63 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AL137793.2-201ENST00000632635 659 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC106774.7-201ENST00000638408 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC106774.6-201ENST00000638483 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC233724.20-201ENST00000638842 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC233724.19-201ENST00000639969 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC106774.5-201ENST00000640558 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC233724.18-201ENST00000640803 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC233724.21-201ENST00000640846 597 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 APTX-211ENST00000463596 1345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LAMA1-209ENST00000638611 1310 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 FGD4-203ENST00000472289 1629 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 EPHA8-201ENST00000166244 4943 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LIMS2-209ENST00000410038 1695 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 KRT8P28-201ENST00000433288 1390 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MINDY4B-201ENST00000465419 1383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SCART1-206ENST00000640237 4351 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CHRNA1-203ENST00000409219 1466 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC004554.1-201ENST00000422830 1468 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC006372.4-201ENST00000624122 1543 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SURF4-209ENST00000618229 3200 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AL590440.2-201ENST00000641973 1595 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TNNI2-201ENST00000252898 678 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MBD3L3-201ENST00000333843 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TNNI2-202ENST00000381905 706 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TNNI2-203ENST00000381906 745 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TNNI2-204ENST00000381911 743 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CRIP1-202ENST00000392531 485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 GSTT2B-202ENST00000404172 819 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 HVCN1-203ENST00000439744 1215 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LINC01563-201ENST00000456235 750 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AL353150.1-201ENST00000456944 583 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RAP1B-216ENST00000537460 1072 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AL132801.1-201ENST00000559675 567 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RN7SL665P-201ENST00000578793 300 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AC004528.1-201ENST00000588380 641 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 EAF1-AS1-208ENST00000608408 770 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AL627230.2-201ENST00000613254 655 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SNRPA1-216ENST00000626000 539 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MON2-213ENST00000552738 5543 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SLC25A3-216ENST00000551917 1359 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 WASHC2C-204ENST00000374362 4623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TUBGCP2-202ENST00000368562 2685 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 UBL4B-201ENST00000334179 1478 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TMEM30A-201ENST00000230461 4594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 BSDC1-205ENST00000446293 1505 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TRPC3-202ENST00000379645 3548 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LTF-202ENST00000417439 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 XKRX-202ENST00000468904 2249 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 CCT6A-201ENST00000275603 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 PHTF1-205ENST00000393357 3244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 XPNPEP2-201ENST00000371105 912 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 MDS2-201ENST00000374555 1029 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 HNRNPA1P58-201ENST00000403629 610 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 ACTG1P19-201ENST00000418987 1116 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RPL9-203ENST00000449470 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
COL6A1P12109 RN7SL277P-201ENST00000481521 288 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.6 ms