Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC016876.1-201ENST00000415124 352 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AP000550.1-201ENST00000420508 4833 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AL137784.3-201ENST00000623858 2288 ntBASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TM9SF1-202ENST00000396854 2055 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 GNAO1-201ENST00000262493 3337 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MYLIP-201ENST00000349606 2796 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FXYD6-207ENST00000527717 1799 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LINC00841-201ENST00000451929 2126 ntTSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC006504.5-203ENST00000590628 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LDHAL6B-201ENST00000307144 1693 ntAPPRIS P1 BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RAB37-216ENST00000613645 1653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TRIM65-201ENST00000269383 3439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF11A-206ENST00000617039 3756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SLC1A7-202ENST00000371494 2637 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 EXTL1-201ENST00000374280 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RBP1-203ENST00000483943 1935 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PUF60-209ENST00000527197 1559 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 OGFRL1-201ENST00000370435 8391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 F10-203ENST00000409306 1450 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SLFNL1-204ENST00000372613 2654 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 HIF3A-206ENST00000472815 1709 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PTPN5-204ENST00000396170 3871 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC005899.8-201ENST00000625127 3153 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 KLHL25-201ENST00000337975 3758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FGGY-203ENST00000371212 1640 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NRDC-201ENST00000352171 3691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 IRAK1-203ENST00000369980 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RAP1GAP-211ENST00000495204 2489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 DTD2-201ENST00000310850 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ALG3P1-201ENST00000508806 1114 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MTX3-202ENST00000512528 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC138466.3-201ENST00000619983 221 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 TMPRSS2-201ENST00000332149 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NXPH3-202ENST00000513748 1530 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NUP50-201ENST00000347635 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LRP5L-202ENST00000402859 1661 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ZNF664-204ENST00000538932 4321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PSEN2-202ENST00000366783 2306 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 C1QTNF9-201ENST00000332018 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MPZ-204ENST00000491222 1824 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 POTEM-201ENST00000547889 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MARVELD2-203ENST00000436532 1563 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SLC4A11-202ENST00000380059 3229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 VWCE-202ENST00000335613 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 APP-205ENST00000358918 2366 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RUSC1-204ENST00000368352 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ANKRD36BP2-202ENST00000421951 1899 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LBH-201ENST00000395323 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 CFAP157-206ENST00000614677 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PRR19-201ENST00000341747 1530 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 SIRT2-202ENST00000358931 1912 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 HYAL1-208ENST00000457214 1084 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
LIMA1Q9UHB6 LIG1-202ENST00000427526 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.7 ms