Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 KXD1-204ENST00000595073 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SNPH-202ENST00000381873 4995 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TLL1-201ENST00000061240 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 C9orf152-201ENST00000400613 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TTC7A-203ENST00000409245 3033 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 LAP3-210ENST00000606142 1876 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MFSD11-211ENST00000588460 3612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ZBED1-202ENST00000381222 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CDCA3-207ENST00000538862 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SIGLEC16-202ENST00000602139 2510 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SCUBE2-201ENST00000309263 3727 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CMTM6-201ENST00000205636 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FBXO15-201ENST00000419743 1708 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CDIP1-205ENST00000563332 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 OSBPL8-203ENST00000393250 3157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PDE8A-203ENST00000394553 3912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RFX2-222ENST00000592546 2578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CDH23-202ENST00000299366 3954 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ADAM12-201ENST00000368676 3313 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FAM160A2-202ENST00000449352 3354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ASAH1-258ENST00000637790 3042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PIGT-203ENST00000372689 1971 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TAGLN2-202ENST00000368096 1603 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TPSD1-202ENST00000397534 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC073133.1-201ENST00000426187 432 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ARL6IP4-207ENST00000426960 910 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MGRN1-202ENST00000399577 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 POLM-202ENST00000335195 2444 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CDYL2-203ENST00000562812 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CDYL2-204ENST00000563890 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CDYL2-205ENST00000566173 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 MLXIPL-204ENST00000414749 3224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CCDC32-201ENST00000358005 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL359881.3-201ENST00000602640 1721 ntBASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AP002851.1-201ENST00000640504 2130 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 USP36-201ENST00000312010 5234 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SMYD5-202ENST00000389501 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RAB6C-201ENST00000410061 3075 ntAPPRIS P1 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PCDHGA3-203ENST00000619750 2695 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CLIP2-203ENST00000395060 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 STK17B-201ENST00000263955 5287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
LIG1P18858 PHYHIP-202ENST00000454243 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 OR2I1P-209ENST00000641730 5365 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 ABCA7-201ENST00000263094 6816 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 IMPDH1-204ENST00000419067 2431 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RRP1B-201ENST00000340648 5090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 FAM219B-201ENST00000357635 3550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 POM121-202ENST00000395270 7011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 NLRX1-204ENST00000409991 3716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 VHLL-201ENST00000339922 676 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AC097717.1-202ENST00000457577 740 ntTSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.11■□□□□ 0.33
LIG1P18858 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.8 ms