Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

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Length 886 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 MRPS6-201ENST00000399312 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 KLF2P2-201ENST00000416807 1039 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 TIMM8B-201ENST00000504148 819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 ARHGAP9-213ENST00000550288 2818 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 BVES-201ENST00000314641 5567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 PRKD1-202ENST00000415220 3189 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 PDZD7-206ENST00000619208 4135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 AGAP1-201ENST00000304032 10832 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 NLRX1-204ENST00000409991 3716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 MTCL1-202ENST00000359865 6093 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 TRIM67-201ENST00000366653 3936 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 FOXL1-201ENST00000320241 3655 ntAPPRIS P1 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 SERPINE3-204ENST00000524365 2293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 ALDH4A1-206ENST00000538839 2957 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 REPS1-221ENST00000626459 3665 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 ZNF395-201ENST00000344423 4808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 THBD-201ENST00000377103 4109 ntAPPRIS P1 BASIC14.94□□□□□ -0.02
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VPS39Q96JC1 ADAR-202ENST00000368474 6625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 ZBED8-202ENST00000523213 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
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VPS39Q96JC1 MKL1-202ENST00000396617 4505 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 NAXD-201ENST00000309957 2659 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 MYADM-205ENST00000391771 3111 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 BTN1A1-201ENST00000244513 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 STX1A-201ENST00000222812 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
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VPS39Q96JC1 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC14.93□□□□□ -0.02
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VPS39Q96JC1 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 LY9-204ENST00000368039 1364 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 ZNF782-205ENST00000481138 4213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 TRMT1-217ENST00000592062 2579 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 NUCB1-201ENST00000405315 2668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 KRTAP10-7-201ENST00000609664 1578 ntAPPRIS P1 BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 GRIN2C-201ENST00000293190 4261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 AFAP1L1-205ENST00000515000 2319 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 KIAA1257-204ENST00000511438 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 FGFR1-204ENST00000356207 3824 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 FBXL4-201ENST00000229971 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 THY1-206ENST00000528522 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 CLN8-205ENST00000520991 1305 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 TRIM45-201ENST00000256649 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 CACNA2D4-220ENST00000585732 2566 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
VPS39Q96JC1 B3GNT7-201ENST00000287590 3706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
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