Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TPT1P6-201ENST00000458298 514 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LRRC75A-AS1-214ENST00000487066 763 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AF274856.1-202ENST00000509345 871 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC015795.2-201ENST00000512720 575 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LINC01490-202ENST00000551399 1260 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC092756.1-201ENST00000560248 448 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC079414.2-201ENST00000567157 1104 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 OVOL3-201ENST00000585332 695 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 OVOL3-202ENST00000633214 675 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC005865.2-202ENST00000635814 725 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 GDAP1L1-207ENST00000612599 2585 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 NFATC4-226ENST00000556279 2924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 NCK2-203ENST00000393349 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TACC3-212ENST00000612220 1756 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TMEM143-203ENST00000435956 2272 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 DYRK1A-203ENST00000398956 1590 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LCMT1-202ENST00000380966 989 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SNORA57-201ENST00000383870 149 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 KIR2DL4-207ENST00000396293 715 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SKOR2-201ENST00000400404 891 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC136604.1-202ENST00000425471 771 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LINC00303-203ENST00000427799 1028 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 RPL15-208ENST00000435882 1063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LINC02252-201ENST00000565706 487 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 RN7SL556P-201ENST00000582856 298 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC011489.1-201ENST00000586744 690 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CTSS-202ENST00000448301 1421 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TARS2-203ENST00000369054 1998 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MAGEA2-203ENST00000611557 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 BANP-204ENST00000393208 2283 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 RN7SL375P-201ENST00000492442 298 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 EEF1GP8-201ENST00000506566 1154 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC090820.1-201ENST00000519722 591 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 YWHAE-212ENST00000575977 540 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 FXYD3-206ENST00000603524 742 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 FXYD3-211ENST00000604804 564 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 C12orf65-204ENST00000429587 1326 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 PRMT2-216ENST00000621201 1301 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SIGLEC6-204ENST00000391797 1391 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CT55-201ENST00000276241 1445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 NIT1-204ENST00000392190 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 TMPO-203ENST00000343315 2465 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 HIST1H2BK-201ENST00000356950 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 HORMAD2-AS1-202ENST00000432568 727 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CU639417.1-201ENST00000464664 460 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 RORA-AS1-201ENST00000501579 761 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LINC02435-201ENST00000508291 584 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 C5orf63-203ENST00000509733 553 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC010285.2-201ENST00000510240 569 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC078814.4-201ENST00000546650 327 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC012593.1-214ENST00000586952 767 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 H2BFS-201ENST00000599962 460 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 RAB40B-206ENST00000571995 3859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC020931.1-201ENST00000589622 1346 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LINC00205-201ENST00000433465 1391 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 CELF4-217ENST00000591282 1461 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AL137077.2-201ENST00000635124 1608 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 INSC-208ENST00000530161 1702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 PRL-201ENST00000306482 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 HMGA1-203ENST00000374116 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 GSS-202ENST00000451957 1092 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AL392046.1-202ENST00000457255 521 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 MIR2278-201ENST00000516344 96 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 C12orf57-204ENST00000540506 551 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 BATF-202ENST00000555504 361 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SPAG5-AS1-204ENST00000556050 871 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC016266.1-201ENST00000557558 729 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC006986.1-201ENST00000612764 241 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 LYPD5-202ENST00000414615 2137 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 KRT8P18-201ENST00000413425 1445 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 SUCLA2-205ENST00000470760 1445 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 NECTIN1-203ENST00000341398 1377 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
CHD9Q3L8U1 AC064801.2-201ENST00000625052 1303 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
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