Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 BEX2-201ENST00000372674 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 EVA1A-204ENST00000410071 777 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RPL17P11-201ENST00000417593 544 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 LINC01229-204ENST00000568751 720 ntTSL 3 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MIR7845-201ENST00000618396 99 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AL021997.3-201ENST00000621053 557 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 DNAJC7-202ENST00000426588 1774 ntTSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 WIZ-201ENST00000263381 5695 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MYH14-204ENST00000440075 4247 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 DNAH14-204ENST00000366849 2215 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SFXN3-202ENST00000393459 3098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 IL21R-AS1-201ENST00000563191 2615 ntTSL 2 BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.8□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ALDH1B1-201ENST00000377698 3066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MANEAL-204ENST00000525897 1294 ntTSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC013355.1-201ENST00000562625 723 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC010323.1-201ENST00000598884 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ATP6AP2-211ENST00000636196 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 BTBD9-206ENST00000481247 8525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 STAM-202ENST00000377524 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FYN-202ENST00000354650 3628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FASN-206ENST00000634990 8407 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 NRXN1-210ENST00000406316 9375 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 DBR1-201ENST00000260803 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TUBGCP2-203ENST00000368563 4218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CDS2-203ENST00000460006 9298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TCL1B-201ENST00000340722 1166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CYB5R3-203ENST00000402438 1050 ntTSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TMEM177-203ENST00000409951 1216 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HLA-DQB2-229ENST00000411527 1059 ntBASIC12.79□□□□□ -0.36
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CHD3Q12873 CR769775.1-201ENST00000443347 931 ntTSL 3 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TALDO1-203ENST00000528097 1231 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 AC110285.3-201ENST00000574472 665 ntTSL 3 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 MEX3B-201ENST00000329713 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HSDL2-202ENST00000398805 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PCDHA7-201ENST00000356878 2922 ntAPPRIS ALT2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 HOXA-AS2-202ENST00000517635 2455 ntTSL 2 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC12.79□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 ESRP2-202ENST00000473183 3793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 CHIA-206ENST00000430615 1320 ntTSL 1 (best) BASIC12.78□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 PTENP1-202ENST00000532280 3996 ntBASIC12.78□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RUNDC3B-202ENST00000338056 4099 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
CHD3Q12873 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC12.78□□□□□ -0.36
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