Protein–RNA interactions for Protein: Q969F9

HPS3, Hermansky-Pudlak syndrome 3 protein, humanhuman

Predictions only

Length 1,004 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HPS3Q969F9 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 SETD1B-201ENST00000267197 5772 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 LINC02449-203ENST00000536034 451 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 ANAPC15-214ENST00000543587 883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 GLUL-203ENST00000339526 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 MVK-214ENST00000629016 1591 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CLASRP-204ENST00000544944 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CNGB1-201ENST00000251102 5641 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 HBP1-201ENST00000222574 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 RSPH9-201ENST00000372163 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AL928921.2-201ENST00000641325 2442 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 HSPA7-201ENST00000445535 1927 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AC015688.4-201ENST00000580780 1647 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 PNMA3-202ENST00000593810 1432 ntAPPRIS P1 BASIC16.45■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 KIAA1683-209ENST00000612316 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 TAP2-205ENST00000620123 5676 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 DYDC2-204ENST00000372199 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 INTS11-248ENST00000545578 2263 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 PTGES3-207ENST00000614328 2077 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 RNF122-201ENST00000256257 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 STRA6-205ENST00000432245 1889 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CICP16-201ENST00000502609 2813 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 NAA60-202ENST00000407558 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 KIAA0930-203ENST00000391627 2623 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 TMCO5B-204ENST00000529696 1568 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AL031280.1-201ENST00000436991 2224 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 RARG-203ENST00000425354 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AC068228.2-201ENST00000522383 777 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 C19orf38-203ENST00000592854 1060 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 ZIM2-AS1-201ENST00000595954 2129 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AC024941.2-201ENST00000625763 493 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 IL9R-202ENST00000369423 2032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 MYLIP-201ENST00000349606 2796 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 GRIN2A-201ENST00000330684 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 SLCO2B1-217ENST00000532236 2593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 PAFAH1B1-202ENST00000397195 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 SOX7-201ENST00000304501 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CNNM2-203ENST00000433628 3857 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CCNE1-202ENST00000357943 1641 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AC092506.1-201ENST00000634580 2275 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CEP295NL-201ENST00000322630 2090 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 LANCL2-201ENST00000254770 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AP000593.2-201ENST00000542775 1433 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 SEMA3F-202ENST00000413852 3212 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CDKN1A-208ENST00000615513 2102 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 MAX-219ENST00000618858 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 AMACR-203ENST00000382072 2919 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 POLRMT-202ENST00000588649 3835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
HPS3Q969F9 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms