Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 HNRNPH1-202ENST00000356731 3667 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TDP2-201ENST00000341060 2120 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CNOT9-201ENST00000273064 4079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 IRGQ-201ENST00000422989 9685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TDRD12-202ENST00000444215 3934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 KIFC3-204ENST00000465878 3225 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 FZD6-206ENST00000523739 2774 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 MICAL1-202ENST00000358807 3645 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AL157935.1-209ENST00000415141 1105 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 PFN2-205ENST00000461868 613 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 KIAA1614-201ENST00000367587 3309 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AXL-201ENST00000301178 4737 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 DNM1-212ENST00000627543 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 POLD1-214ENST00000613923 3542 ntTSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 OS9-206ENST00000435406 2346 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 LINC01833-203ENST00000437916 2880 ntTSL 3 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 MEST-204ENST00000393187 2380 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 UQCC1-204ENST00000374384 2201 ntTSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 UNC5CL-201ENST00000244565 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SREBF1-205ENST00000395757 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AKAP2-203ENST00000434623 4400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 DLX1-203ENST00000361725 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CNGA3-204ENST00000409937 2615 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ZNF664-202ENST00000392404 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CD300LB-202ENST00000392621 2286 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.18■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RGS12-202ENST00000338806 3010 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 FKBP1C-201ENST00000370659 1579 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CASC10-201ENST00000377113 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RUBCNL-201ENST00000378781 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CUL3-202ENST00000344951 6592 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TPO-205ENST00000382201 2956 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ATP2C2-AS1-201ENST00000565700 2998 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AC011467.4-201ENST00000594891 528 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 PTPN13-204ENST00000436978 8573 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ATP5J2-PTCD1-201ENST00000413834 2491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AP1G2-201ENST00000308724 3298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CYTH3-201ENST00000350796 4505 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CYTH3-202ENST00000396741 4508 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CENPBD1-201ENST00000314994 2744 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 DMTN-220ENST00000523266 2735 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RUFY4-201ENST00000344321 2352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SIDT1-201ENST00000264852 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 DAGLA-201ENST00000257215 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 FOXM1-210ENST00000627656 3487 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CDK11A-201ENST00000356200 2653 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TJAP1-208ENST00000438588 2716 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SMARCA4-214ENST00000589677 5181 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 FAM201A-201ENST00000377680 3437 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 NFATC1-204ENST00000397790 3453 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RAB43-202ENST00000393304 4230 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC18.16■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms