Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

Predictions only

Length 438 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ID2-203ENST00000396290 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PCDHB6-202ENST00000622991 2608 ntTSL 2 BASIC13.94□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CNST-203ENST00000366513 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ZCCHC17-204ENST00000546109 1705 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PBX1-219ENST00000560641 3225 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 IPPK-201ENST00000287996 4401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SH3GLB2-205ENST00000416629 1415 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 VWCE-205ENST00000535710 1437 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 C18orf25-203ENST00000615052 5462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 COPS7B-205ENST00000409295 1009 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 UBXN7-AS1-201ENST00000442941 386 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC135178.1-201ENST00000458568 537 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SIAH2-AS1-201ENST00000461943 441 ntTSL 4 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AP000842.2-201ENST00000533033 517 ntTSL 4 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 EMC4-208ENST00000559078 599 ntTSL 3 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PIGH-209ENST00000559581 1049 ntTSL 4 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 LINC01584-201ENST00000562495 676 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AL390728.6-201ENST00000566446 1246 ntBASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PTGES3L-AARSD1-201ENST00000360221 1790 ntTSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CHIA-204ENST00000369740 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 UBE3C-202ENST00000389103 1626 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 DUOX1-201ENST00000321429 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC13.93□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 FRMPD2B-201ENST00000431305 1347 ntBASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 THOC6-207ENST00000574549 1300 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ZNF581-203ENST00000587252 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CCDC197-206ENST00000640978 1429 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PPIE-202ENST00000356511 1079 ntTSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AL512430.1-201ENST00000392575 860 ntBASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AL592076.1-201ENST00000424448 303 ntBASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC097065.1-201ENST00000425737 517 ntBASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PTK2-225ENST00000520892 571 ntTSL 4 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC013391.2-201ENST00000559041 501 ntTSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC010531.4-203ENST00000561709 660 ntTSL 3 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 NAT9-220ENST00000582870 896 ntTSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AC022001.2-201ENST00000607849 580 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 MIR6769A-201ENST00000617340 73 ntBASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 AMZ2P1-202ENST00000430983 3425 ntTSL 2 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 PPP1R26-204ENST00000604351 4640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.92□□□□□ -0.18
CLN3Q13286 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.92□□□□□ -0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.8 ms