Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TMEM132C-201ENST00000435159 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MKNK1-203ENST00000371945 2618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 BRSK2-202ENST00000382179 3576 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 EIF4E-201ENST00000280892 1097 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SUOX-214ENST00000551841 906 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 FAM227B-204ENST00000558594 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 ATG9A-204ENST00000409422 2512 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SLC4A7-211ENST00000445684 4061 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 FOXM1-203ENST00000361953 3370 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 PELP1-201ENST00000301396 3673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 OPA1-205ENST00000361908 6439 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 CLCN4-201ENST00000380829 2418 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TNIP3-201ENST00000057513 2416 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 KIRREL1-204ENST00000368173 7519 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 ZBTB7B-202ENST00000368426 3594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 RARG-203ENST00000425354 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 POLD1-214ENST00000613923 3542 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 EIF4G3-204ENST00000374935 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SLC1A1-201ENST00000262352 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 IQCE-216ENST00000611775 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 STRC-205ENST00000450892 5680 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TOMM40L-209ENST00000545897 2807 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SELENON-201ENST00000354177 4227 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TSFM-207ENST00000540550 1935 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MAP7-202ENST00000432797 4375 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 BEND3P3-201ENST00000611030 2440 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SEZ6L-206ENST00000404234 3444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 ZNF362-205ENST00000539719 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 CSPG4-201ENST00000308508 8290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MLX-202ENST00000346833 2334 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 ST3GAL5-203ENST00000393805 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 DDX3X-201ENST00000399959 5399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 NUDT16-202ENST00000521288 6108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 NAPB-202ENST00000398425 3824 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC103736.1-203ENST00000524565 872 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC092718.3-202ENST00000564536 1032 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SLC25A3P1-206ENST00000569142 925 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 GOLGA2-215ENST00000639983 1038 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 DCAF8L2-203ENST00000545306 2013 ntAPPRIS P1 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 UPB1-201ENST00000326010 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 FER1L4-204ENST00000430275 3281 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 TJAP1-208ENST00000438588 2716 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 GP6-202ENST00000333884 2210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 EHD4-201ENST00000220325 6416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 AC068760.1-201ENST00000493579 1953 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 FDPS-201ENST00000356657 1478 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 PDPK1-202ENST00000342085 7241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 INTS14-201ENST00000313182 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 PVR-205ENST00000425690 3325 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 ARSH-201ENST00000381130 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 MAP7-201ENST00000354570 4152 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 UBR2-201ENST00000372899 7857 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 UBR2-202ENST00000372901 7857 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 CDIP1-205ENST00000563332 2774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 DEK-202ENST00000397239 3427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
IFT88Q13099 ZNF501-205ENST00000620116 3382 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms