Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
ATG4BQ9Y4P1 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ATG4BQ9Y4P1 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17 ms