Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.78■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC30.77■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC30.77■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC30.77■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC30.77■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.52
CCDC9Q9Y3X0 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC30.76■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.76■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.76■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.75■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.74■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC30.74■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC30.73■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC30.73■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC30.73■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.72■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC30.71■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC30.7■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC30.7■■■□□ 2.51
CCDC9Q9Y3X0 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.69■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.68■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC30.67■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.66■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.65■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.64■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC30.64■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC30.64■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.5
CCDC9Q9Y3X0 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC30.64■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.63■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC30.62■■■□□ 2.49
CCDC9Q9Y3X0 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC30.62■■■□□ 2.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 230 ms