Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0I3

CCDC113, Coiled-coil domain-containing protein 113, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC113Q9H0I3 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CCDC113Q9H0I3 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC113Q9H0I3 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC113Q9H0I3 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms