Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0E7

USP44, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 44, humanhuman

Predictions only

Length 712 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP44Q9H0E7 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP44Q9H0E7 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
USP44Q9H0E7 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC28.67■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
USP44Q9H0E7 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms