Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS39Q96JC1 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.1 ms