Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
USP53Q70EK8 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
USP53Q70EK8 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms