Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
USP39Q53GS9 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
USP39Q53GS9 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.5 ms