Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
COL7A1Q02388 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL7A1Q02388 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.7 ms