Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A3Q01955 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
COL4A3Q01955 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.51■■□□□ 1.35
COL4A3Q01955 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms