Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
VPS4BO75351 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VPS4BO75351 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VPS4BO75351 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4BO75351 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VPS4BO75351 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms