Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CHRD-206ENST00000450923 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LIG1P18858 USP4-203ENST00000415188 1454 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ENDOV-206ENST00000518901 2549 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CRMP1-205ENST00000512574 2764 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RUSC1-204ENST00000368352 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 OTULIN-201ENST00000284274 7800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC011474.4-201ENST00000623523 2076 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC008894.2-201ENST00000597983 2987 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LINC00221-201ENST00000603633 1656 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ZNF576-201ENST00000336564 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 BOLL-203ENST00000392296 2838 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MAP3K12-201ENST00000267079 4319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SPACA9-203ENST00000372136 2536 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 IL20RA-201ENST00000316649 3485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 PBXIP1-202ENST00000368463 3212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 FADS2-201ENST00000257261 2964 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RGMA-202ENST00000425933 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SPOCK3-202ENST00000357545 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TK2-221ENST00000620035 5060 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ARHGAP23P1-201ENST00000562773 1937 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MST1P2-201ENST00000457982 2291 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ATP2C1-214ENST00000508532 4969 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AMMECR1-203ENST00000372059 3052 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 XPNPEP1-201ENST00000322238 2467 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 GAS2L3-201ENST00000266754 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC089987.1-201ENST00000551654 2209 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TMEM143-201ENST00000293261 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CACNA2D4-220ENST00000585732 2566 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LBH-201ENST00000395323 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SGK1-205ENST00000413996 2686 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ELK1P1-201ENST00000485699 580 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AIPL1-207ENST00000574506 2074 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 REPS1-221ENST00000626459 3665 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TPD52L2-206ENST00000358548 2275 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ATL3-203ENST00000538786 1920 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SBF1P1-201ENST00000444527 5631 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ELN-208ENST00000380575 3043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AL122018.1-201ENST00000446607 2310 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 INHBE-201ENST00000266646 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 WIZ-207ENST00000599910 4609 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 LAT2-205ENST00000460943 2527 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TTC8-203ENST00000346301 2058 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TEKT2-201ENST00000207457 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ADGRG2-207ENST00000379869 4768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 MEGF11-204ENST00000422354 5914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CAMKK2-201ENST00000324774 5598 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 PHKG1-210ENST00000537360 2139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
LIG1P18858 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.9 ms