Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ADAM11-201ENST00000200557 4571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TMEM201-202ENST00000340381 3776 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CBX3-202ENST00000396386 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ARAP1-201ENST00000334211 4942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 GRAMD4-202ENST00000406902 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CPXM2-201ENST00000241305 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SPPL3-201ENST00000353487 4148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CSDC2-201ENST00000306149 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ZNF596-201ENST00000308811 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PIGG-202ENST00000383028 2787 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 GAS2L2-203ENST00000618498 2655 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 GLIDR-202ENST00000625350 2588 ntTSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC005252.3-201ENST00000623855 2258 ntBASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ICE1-201ENST00000296564 7927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SESN3-203ENST00000536441 9558 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ZNF536-201ENST00000355537 4945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PTPRH-201ENST00000263434 3343 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ANKMY1-204ENST00000391987 3221 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RERE-202ENST00000377464 6733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 GPR37-201ENST00000303921 3021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 HOXA-AS2-202ENST00000517635 2455 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 BX640514.1-201ENST00000583223 1918 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 BCAN-201ENST00000329117 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LIMS1-215ENST00000544547 4461 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 HLA-K-203ENST00000430151 1046 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AL049840.4-201ENST00000602422 811 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MEX3B-201ENST00000329713 3528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AL158070.2-201ENST00000623713 1621 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 VWA7-201ENST00000375688 2881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ZNF800-203ENST00000393313 4358 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 NCOR2-201ENST00000356219 7226 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SGSM1-206ENST00000610372 5991 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PDE8B-202ENST00000333194 2572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AL359183.1-201ENST00000623796 2132 ntBASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC13.12□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RAB43-202ENST00000393304 4230 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.12□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 137.4 ms