Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 SYBU-205ENST00000422135 3226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CUX1P39880 C1orf228-218ENST00000458657 1818 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 FBXO16-202ENST00000380254 1343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 UQCC2-204ENST00000607484 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CCL18-201ENST00000616054 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TRIM46-211ENST00000611379 3082 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 FMC1-201ENST00000297534 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 LRRC75A-AS1-213ENST00000484836 821 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 SBSN-202ENST00000518157 957 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 FXYD6-FXYD2-201ENST00000532984 670 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 COX5A-205ENST00000568517 582 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ADGRE3-204ENST00000595472 486 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC021016.3-201ENST00000608367 477 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC013472.1-203ENST00000380387 1966 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 EIF3J-201ENST00000261868 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CUX1P39880 GMEB1-202ENST00000361872 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RHOG-201ENST00000351018 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 HTR3E-203ENST00000425359 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 PRAMEF8-202ENST00000614831 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 PRAMEF7-202ENST00000616979 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 C11orf49-203ENST00000378618 1166 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC016757.1-202ENST00000409376 892 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RPL3P2-204ENST00000413027 1203 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CSAG1-204ENST00000452779 627 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC025186.1-201ENST00000478174 870 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC113391.2-201ENST00000512245 553 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL132994.1-201ENST00000554098 400 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AP005264.6-204ENST00000588436 719 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC008972.2-201ENST00000606587 494 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ARFGAP2-202ENST00000426335 2937 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 SULT1A1-201ENST00000314752 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 HNRNPA1-201ENST00000330752 1294 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RN7SL788P-201ENST00000460504 316 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 LINC02171-201ENST00000508619 1033 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 YPEL4-209ENST00000534711 889 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL162632.1-201ENST00000546784 548 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AL021707.6-201ENST00000609212 491 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 BTNL8-211ENST00000610640 1488 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CCDC32-201ENST00000358005 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 BTNL8-206ENST00000508408 1717 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CUX1P39880 RGR-203ENST00000372092 868 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 LINC00265-2P-201ENST00000413372 782 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 FAM86KP-201ENST00000509817 987 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 POLR2J3-217ENST00000513438 546 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 ANO3-205ENST00000531646 1264 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 CRADD-205ENST00000548483 1056 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 SRP14-204ENST00000558720 780 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 AC140658.4-201ENST00000561990 352 ntBASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 APBB1-220ENST00000609331 1574 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 C2CD3-213ENST00000539061 2722 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
CUX1P39880 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 CCDC47-201ENST00000225726 3466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 PRICKLE3-204ENST00000453382 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 PAK1-201ENST00000278568 2543 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ETNPPL-206ENST00000510706 1692 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 RPARP-AS1-202ENST00000492465 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 FUCA1P1-201ENST00000374476 1351 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 PTGER4P2-201ENST00000328411 252 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 EIF4E2-205ENST00000409394 604 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
CUX1P39880 ID2-AS1-201ENST00000412712 953 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms