Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 CGN-201ENST00000271636 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 PLSCR4-204ENST00000446574 1442 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 B4GALNT3-201ENST00000266383 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 FAM24B-202ENST00000368898 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 PTPA-215ENST00000432124 567 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 PRSS30P-204ENST00000489864 650 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 MIR4538-201ENST00000581377 78 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 LINC00479-204ENST00000589300 718 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 OR2I1P-209ENST00000641730 5365 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 RAI2-206ENST00000545871 2421 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 ABTB2-201ENST00000435224 4902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 THSD4-201ENST00000261862 3133 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 MAP7D1-203ENST00000373150 3238 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 WIPF3-202ENST00000409123 3491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 LINC00327-203ENST00000576696 1308 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 SLC26A11-203ENST00000546047 2807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 IFRD1-205ENST00000429071 1938 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 ST7L-202ENST00000358039 4528 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AC132872.4-202ENST00000622924 2756 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 CSH2-201ENST00000336844 1173 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 CSH2-202ENST00000345366 598 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 KLK8-204ENST00000391806 1051 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 RPL14-202ENST00000396203 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AL008707.1-201ENST00000422498 534 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 USE1-202ENST00000445667 795 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AC092944.1-202ENST00000487238 483 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 KLF3-AS1-204ENST00000505240 567 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 C15orf40-211ENST00000565712 559 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 AC132192.2-201ENST00000596206 1147 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 SELPLG-202ENST00000388962 1613 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 ASCC3-207ENST00000522650 2828 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 TMEM106C-201ENST00000256686 1394 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CHMP4AQ9BY43 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC19.02■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 MTHFD1L-203ENST00000367321 3604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 LINGO1-204ENST00000561030 2677 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
CHMP4AQ9BY43 AL359915.2-205ENST00000418015 1529 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms