Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 NR3C2-209ENST00000625323 5909 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 TREML5P-201ENST00000421694 576 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 ATP6V0A2-207ENST00000544833 1013 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 THSD4-201ENST00000261862 3133 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 MBD6-201ENST00000355673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 POLR2E-211ENST00000612655 1749 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 RGS3-201ENST00000317613 2542 ntTSL 2 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP4-202ENST00000370016 3095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 EDEM2-202ENST00000374492 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 NFATC1-205ENST00000427363 2832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 ZFP64-201ENST00000216923 3264 ntTSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 NUTM2E-201ENST00000429984 3292 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 ROBO4-201ENST00000306534 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 GIPC2-201ENST00000370759 3847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 SIX4-201ENST00000216513 6285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.3
CCDC54Q8NEL0 UGDH-201ENST00000316423 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.15□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC13.15□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RPRD1A-202ENST00000399022 4438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LGALS8-203ENST00000341872 2437 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CEP78-203ENST00000376598 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SCYL1-201ENST00000270176 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TACR2-201ENST00000373306 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 HSDL2-202ENST00000398805 3350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SLC44A1-202ENST00000374723 9640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PAX3-203ENST00000344493 3109 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 IL6R-201ENST00000344086 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TTC22-202ENST00000371276 3345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RPS6KL1-210ENST00000555647 3309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PBX3-201ENST00000342287 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AL845321.1-202ENST00000432011 786 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TRAF3-208ENST00000560371 7640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ASAP1-201ENST00000357668 6344 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ATP6V1C2-201ENST00000272238 1565 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CAPZB-204ENST00000375144 1568 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 BRD1-205ENST00000457780 4997 ntTSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PLEKHN1-202ENST00000379409 2455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TOP3B-201ENST00000357179 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TMEM132C-201ENST00000435159 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 MCRS1-211ENST00000550165 1936 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 RNF216-205ENST00000425013 5639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
CCDC54Q8NEL0 DDX3X-201ENST00000399959 5399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.13□□□□□ -0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.1 ms