Protein–RNA interactions for Protein: Q13472

TOP3A, DNA topoisomerase 3-alpha, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,001 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TOP3AQ13472 DSN1-207ENST00000448110 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AGRN-210ENST00000620552 7394 ntTSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 PLTP-203ENST00000372431 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 ACKR3-201ENST00000272928 2203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 FGR-203ENST00000374005 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 TMPRSS2-202ENST00000398585 3240 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 C10orf71-201ENST00000374144 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 TNFAIP8L3-201ENST00000327536 2262 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 BORCS5-202ENST00000314565 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 BEST1-205ENST00000526988 1263 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AL121992.1-201ENST00000428945 2845 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 SH3BP5L-201ENST00000366472 3861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AC105206.1-202ENST00000314927 2368 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AL356585.2-201ENST00000625078 2396 ntBASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 ZNF747-202ENST00000395094 3504 ntTSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 TSFM-207ENST00000540550 1935 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 DNM1-212ENST00000627543 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 CALHM1-201ENST00000329905 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 EPHB3-201ENST00000330394 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AATBC-201ENST00000400385 4598 ntTSL 2 BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 LGR5-201ENST00000266674 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 TRPV6-201ENST00000359396 2928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 FHOD3-201ENST00000257209 4967 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 CPT1B-202ENST00000360719 2319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 NFYA-202ENST00000353205 1660 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 CSNK1D-202ENST00000314028 3712 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 HBP1-212ENST00000485846 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 HDAC9-208ENST00000417496 2524 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 PRKCB-201ENST00000303531 7969 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 CDHR5-203ENST00000397542 3489 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 BCAR1-205ENST00000420641 2725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 EPS8L3-202ENST00000361965 1971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 FZD6-206ENST00000523739 2774 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 DENND1B-211ENST00000620048 8378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 EHD1-202ENST00000359393 3618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 HMGA2-204ENST00000403681 4473 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 MYD88-201ENST00000396334 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 STX1B-201ENST00000215095 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 TPT1-AS1-219ENST00000523506 574 ntTSL 4 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 VPS29-207ENST00000549970 818 ntTSL 3 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AC138207.8-201ENST00000579692 739 ntTSL 3 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 Z92544.3-201ENST00000624747 417 ntBASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 TRIO-202ENST00000344204 11100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AC109583.3-201ENST00000641183 3128 ntAPPRIS P1 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 GP6-201ENST00000310373 2268 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 XG-201ENST00000381174 2315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 KCNC2-202ENST00000350228 3344 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 CLK4-201ENST00000316308 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 ASPH-214ENST00000519234 2874 ntTSL 5 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 ADD3-202ENST00000356080 3081 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 AC015802.6-201ENST00000640006 5654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.04□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 IFRD1-205ENST00000429071 1938 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 FLJ40288-201ENST00000332558 1998 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 TPM3-206ENST00000330188 2108 ntTSL 1 (best) BASIC14.03□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 VAC14-AS1-201ENST00000398177 2145 ntTSL 2 BASIC14.03□□□□□ -0.16
TOP3AQ13472 PRKCSH-212ENST00000591462 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.03□□□□□ -0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.1 ms