Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY12

SCAPER, S phase cyclin A-associated protein in the endoplasmic reticulum, humanhuman

Predictions only

Length 1,400 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCAPERQ9BY12 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ING4-207ENST00000446105 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 BID-213ENST00000615414 2236 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 LINC00339-208ENST00000634934 1518 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 LCMT1-202ENST00000380966 989 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CHTF8-202ENST00000398235 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ACTG2-204ENST00000409918 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ACYP2-204ENST00000422521 1115 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 GNG10P1-201ENST00000452289 199 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC106047.2-201ENST00000511723 743 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 POLR2J3-217ENST00000513438 546 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 IGHV3OR16-12-201ENST00000570121 353 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 C17orf62-216ENST00000578919 841 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 BSDC1-203ENST00000419121 1473 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 COQ3-201ENST00000254759 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 MEF2A-204ENST00000557785 2854 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PGAP2-227ENST00000496834 1530 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AP001781.3-201ENST00000622211 2939 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SURF4-203ENST00000371991 715 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 MDS2-201ENST00000374555 1029 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 GAS5-209ENST00000430245 723 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 FOXP4-AS1-202ENST00000432751 409 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ANAPC15-204ENST00000535234 848 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 DUXAP9-201ENST00000547220 665 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TEKT4P2-202ENST00000559466 1312 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PMS1-213ENST00000441310 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TRMT10B-207ENST00000537911 2108 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CHAT-205ENST00000395562 2528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 KLK11-203ENST00000391804 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC112721.1-201ENST00000409162 588 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 FAM27E5-201ENST00000426869 682 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AL355376.1-201ENST00000456082 517 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC022858.1-202ENST00000521084 393 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 BANF1-205ENST00000527348 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 RAP1B-216ENST00000537460 1072 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 TGFB3-204ENST00000556285 1280 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC003006.1-202ENST00000594684 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AL139339.2-201ENST00000608063 657 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 PLS3-210ENST00000626746 216 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 MYH16-204ENST00000452010 1599 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 AC026691.1-201ENST00000602502 2017 ntBASIC21.95■■□□□ 1.11
SCAPERQ9BY12 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 BRD7P5-201ENST00000299197 1822 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 SLC25A3-216ENST00000551917 1359 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 TCL1A-203ENST00000554012 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 ARNTL-201ENST00000389707 2776 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
SCAPERQ9BY12 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.1 ms