Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AL356805.1-201ENST00000556383 341 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC243773.2-203ENST00000612281 640 ntTSL 3 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 NRP2-201ENST00000272849 5909 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SIGLEC9-202ENST00000440804 1960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PCDHA11-201ENST00000398640 6115 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 VCAN-211ENST00000513984 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SLC22A12-203ENST00000377572 2887 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ITGA6-202ENST00000409080 5306 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PLXNB3-209ENST00000538966 6377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PDHX-201ENST00000227868 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 HNRNPLL-205ENST00000409636 3980 ntTSL 2 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC004754.1-201ENST00000600536 2242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ASTN2-206ENST00000361477 4001 ntTSL 5 BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SH2D3C-206ENST00000429553 2794 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AFDN-205ENST00000392108 6812 ntTSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.12■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ACE-201ENST00000290863 2479 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC027601.5-201ENST00000624065 2482 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PRKAG2-215ENST00000492843 2699 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 NUP54-217ENST00000514987 1563 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ZNF576-203ENST00000525771 2327 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ESS2-201ENST00000252137 5392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 E2F6-201ENST00000307236 3317 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 INF2-203ENST00000392634 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ORMDL3-202ENST00000394169 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CNOT10-201ENST00000328834 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 WLS-203ENST00000370971 700 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ZNF667-AS1-202ENST00000586091 678 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 OTUD6A-201ENST00000338352 1689 ntAPPRIS P1 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 NFYA-202ENST00000353205 1660 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TPD52L2-202ENST00000346249 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RNF123-202ENST00000432042 2670 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RUNX3-201ENST00000308873 3861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 DTX3L-201ENST00000296161 5868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TNN-203ENST00000622870 3719 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MICAL1-201ENST00000358577 3142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PREP-201ENST00000369110 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LINC01225-202ENST00000562339 2113 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SPATA33-210ENST00000611218 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PI4K2A-201ENST00000370631 4189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 UMODL1-204ENST00000400427 5442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SPOCK3-201ENST00000357154 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ACIN1-201ENST00000262710 4935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 GPAT3-201ENST00000264409 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TUSC3-201ENST00000382020 3683 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 FSTL4-201ENST00000265342 5419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RSPRY1-202ENST00000537866 3586 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 EXTL1-201ENST00000374280 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 C17orf107-201ENST00000381365 3199 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AC015802.1-201ENST00000588104 1449 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 NEK2-201ENST00000366998 1865 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 APCDD1L-201ENST00000371149 3426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MAPT-206ENST00000415613 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ARHGEF26-AS1-204ENST00000491862 2598 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 RAPH1-202ENST00000319170 9808 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 HSPA7-201ENST00000445535 1927 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 PLEKHA4-201ENST00000263265 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 LINC00163-201ENST00000434081 2155 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
VPS39Q96JC1 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46 ms