Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 RAPGEF1-202ENST00000372190 6045 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 NFIC-206ENST00000589123 8068 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 EHMT2-204ENST00000395728 4129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ANKEF1-201ENST00000378380 5303 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ABLIM2-213ENST00000514025 2974 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AJUBA-201ENST00000262713 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 GDPD5-201ENST00000336898 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 MROH2A-201ENST00000389758 5355 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CREB3L4-202ENST00000368600 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 OPN5-202ENST00000371211 1801 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CDH16-202ENST00000394055 2821 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 C19orf70-201ENST00000309324 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 GLIPR1L1-202ENST00000378695 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AL390729.1-201ENST00000456651 587 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PAX9-204ENST00000554201 1289 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AC005256.1-202ENST00000592934 415 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 RAPH1-202ENST00000319170 9808 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 DENND3-202ENST00000424248 4740 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 DAGLB-201ENST00000297056 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ZFP2-201ENST00000361362 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 EPS8L3-202ENST00000361965 1971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CCDC88A-201ENST00000263630 9667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ELN-210ENST00000380584 3214 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 MYLK-208ENST00000475616 5745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 KAT5-216ENST00000534650 1875 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PIK3R5-219ENST00000616147 4377 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 DENND1B-211ENST00000620048 8378 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 RGS8-204ENST00000483095 1432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 GRSF1-201ENST00000254799 6666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 MAP2K7-203ENST00000397983 3396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 BSG-204ENST00000545507 1795 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CALD1-206ENST00000424922 2124 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ITGB3-201ENST00000559488 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 REV1-202ENST00000393445 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ALDOA-209ENST00000563060 1550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CERCAM-213ENST00000612334 1554 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ITGB4-202ENST00000449880 5689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 DMBT1P1-203ENST00000636837 4628 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 FAM13B-201ENST00000033079 5465 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 OPN4-202ENST00000372071 2401 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 OPA1-202ENST00000361510 6492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ZBTB47-201ENST00000232974 3781 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 PEX5L-211ENST00000472994 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 TARDBP-201ENST00000240185 5367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 FAM86HP-203ENST00000511564 521 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 RAB26-202ENST00000541451 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 FAM167A-201ENST00000284486 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 OPA1-205ENST00000361908 6439 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CSF1-201ENST00000329608 4210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 KLHL21-201ENST00000377658 4487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 LINC00479-201ENST00000412102 2033 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 IL20RA-207ENST00000541547 3382 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CR383656.2-201ENST00000548656 2254 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 B3GAT1-203ENST00000524765 5737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 TNK1-207ENST00000576812 3023 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 COG5-202ENST00000347053 4532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 DNAAF5-202ENST00000403952 1907 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 TSFM-207ENST00000540550 1935 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 CDKL3-206ENST00000521118 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
CCDC112Q8NEF3 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.5 ms