Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 PAX7-202ENST00000400661 1700 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC025271.4-201ENST00000621477 1726 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PYGM-202ENST00000377432 2611 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 RNF103-201ENST00000237455 3477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PRR36-202ENST00000618550 4456 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ABLIM2-209ENST00000505872 1680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AHCYL2-201ENST00000325006 5056 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CES1-203ENST00000422046 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 GPN3-201ENST00000228827 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CCDC32-201ENST00000358005 1704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ANO10-213ENST00000451430 2019 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CRB3-201ENST00000308243 631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NUP210P1-201ENST00000357061 876 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AL392046.1-202ENST00000457255 521 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC010234.1-201ENST00000494599 870 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TVP23C-205ENST00000518321 1080 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ENDOV-229ENST00000523999 864 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 FAM104A-206ENST00000583024 417 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 HIST1H3C-201ENST00000612966 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AC127024.7-201ENST00000625101 200 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 PPP1R37-201ENST00000221462 3163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 WDR5-201ENST00000358625 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TCOF1Q13428 CD3EAP-202ENST00000589804 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 BSDC1-205ENST00000446293 1505 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 ODF2L-204ENST00000370566 2155 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AP002353.1-201ENST00000528257 1599 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 APBB1-220ENST00000609331 1574 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 DUS4L-201ENST00000265720 2220 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 SSBP1-201ENST00000265304 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 PRIMA1-201ENST00000316227 1080 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AL139339.1-201ENST00000411906 657 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 MIR4435-2HG-204ENST00000419736 777 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 FXYD2-205ENST00000528014 672 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 PARD6G-AS1-205ENST00000589574 647 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 MIR6842-201ENST00000612539 65 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC090386.2-201ENST00000623010 1039 ntBASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 GPANK1-203ENST00000375896 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 KCNN3-202ENST00000358505 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LIMS2-209ENST00000410038 1695 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 FBXL7-203ENST00000510662 1758 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 SRPX-205ENST00000538295 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LINC01565-201ENST00000356020 2697 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 DUS2-201ENST00000358896 1933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LINC01864-201ENST00000587218 1661 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 MBP-201ENST00000354542 575 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 IFI35-203ENST00000415816 1241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AL672291.1-201ENST00000417047 462 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 PPFIBP1-204ENST00000535047 875 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LINC01584-201ENST00000562495 676 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 ATRAID-207ENST00000606999 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 IFI27-215ENST00000621160 644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 PTPDC1-202ENST00000375360 4517 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 IDH3B-212ENST00000613370 1400 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 FP565260.6-203ENST00000620015 1435 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
TCOF1Q13428 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
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