Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 STX1A-204ENST00000395156 2050 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 FAM53B-202ENST00000337318 5431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RBPJ-206ENST00000361572 1697 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RGS3-208ENST00000394646 2716 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SPACA9-203ENST00000372136 2536 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TBC1D2-203ENST00000375064 3174 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LZTS1-202ENST00000381569 5706 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 PHYHD1-203ENST00000372592 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CAMKMT-204ENST00000407131 652 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AL121601.1-201ENST00000426367 326 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC022616.1-201ENST00000518688 554 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC120045.2-201ENST00000567334 178 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CREB3L2-208ENST00000620715 1053 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 GFRA1-201ENST00000355422 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ANKRD13B-201ENST00000394859 3214 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 NTNG1-208ENST00000370074 3048 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 MARVELD3-201ENST00000268485 2912 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ZBTB17-202ENST00000375743 2745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SOCS5-202ENST00000394861 4058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 PIP4K2A-201ENST00000323883 1319 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TFR2-201ENST00000223051 2888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TMEM143-201ENST00000293261 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 GPN1-201ENST00000264718 2496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CERS3-202ENST00000394113 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 MUTYH-210ENST00000450313 1929 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CHST3-201ENST00000373115 6970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RDX-218ENST00000544551 4117 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AL357054.3-201ENST00000607084 2055 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 FLJ16779-201ENST00000612722 7638 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 IQCF3-204ENST00000446775 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 PXN-AS1-201ENST00000535200 1170 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AL603764.1-201ENST00000636452 321 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ILDR1-205ENST00000462014 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TFCP2-201ENST00000257915 3546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ADARB2-203ENST00000381312 8421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SUOX-201ENST00000266971 2364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ANKMY1-210ENST00000406958 2396 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 CCDC140-201ENST00000295226 1699 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC012617.1-204ENST00000586340 2305 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC004890.2-205ENST00000416232 2804 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC020910.6-201ENST00000623084 1459 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TAB1-201ENST00000216160 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TMEM41B-204ENST00000528080 3968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 MYADML-201ENST00000474610 2147 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 GAS2L1-209ENST00000618518 3382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 ITPK1-207ENST00000555495 3035 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TSPAN12-201ENST00000222747 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 RNASE10-202ENST00000430083 1172 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 SELENOT-203ENST00000477889 944 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
LIMA1Q9UHB6 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms