Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC080188.2-201ENST00000508985 552 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 DIO3OS-203ENST00000554441 1068 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC105020.3-201ENST00000566036 560 ntTSL 4 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 ANGPTL8-204ENST00000616433 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 LINC00937-207ENST00000544461 3033 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 RUBCNL-204ENST00000378797 3206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC138028.2-202ENST00000567968 4528 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 ATP6V1B2-201ENST00000276390 2875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 MBNL1-202ENST00000282488 6458 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 SBF1P1-201ENST00000444527 5631 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PDZRN3-201ENST00000263666 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CNNM2-203ENST00000433628 3857 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PTGES3L-AARSD1-204ENST00000421990 2150 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PCDH17-201ENST00000377918 8232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 RBAK-RBAKDN-201ENST00000396904 766 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 RBAK-RBAKDN-202ENST00000407184 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 KCNK16-205ENST00000507712 889 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 BCAR3-201ENST00000260502 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 MROH1-207ENST00000528919 5234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TERT-201ENST00000310581 4018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CDH16-207ENST00000568632 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 GPR153-201ENST00000377893 4082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TAF6-205ENST00000437822 2318 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 KIF26B-202ENST00000407071 7287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 PATZ1-202ENST00000266269 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 B9D1-209ENST00000477478 1353 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 CALCOCO2-211ENST00000508679 1396 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
DKK3Q9UBP4 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms