Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PHF14-215ENST00000634607 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SLC6A20-204ENST00000456124 2662 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TSPAN4-201ENST00000346501 882 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RCHY1-210ENST00000513257 759 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 DUX4L27-201ENST00000554796 1261 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SLC7A4-202ENST00000403586 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 UVSSA-208ENST00000511563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MBD6-201ENST00000355673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CBX3-202ENST00000396386 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PAWR-201ENST00000328827 9129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 C5orf66-206ENST00000624272 2479 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MAOB-201ENST00000378069 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LINC00924-202ENST00000556053 2682 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RAB11FIP1-201ENST00000287263 6253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 HNRNPUL1-201ENST00000263367 2952 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 KDR-201ENST00000263923 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TNFRSF11A-206ENST00000617039 3756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ROCK1-201ENST00000399799 9484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 GPR83-201ENST00000243673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 KCP-206ENST00000613019 4853 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LINC02551-202ENST00000533812 2203 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MALSU1-202ENST00000466681 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AXIN2-201ENST00000307078 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 DTX3-202ENST00000548198 3199 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 VIPAS39-202ENST00000343765 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PAX8-AS1-204ENST00000436293 2687 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 POU2F2-207ENST00000529067 2657 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RNF122-201ENST00000256257 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 BTBD10-208ENST00000528120 1662 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 EDIL3-201ENST00000296591 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 WASHC2A-203ENST00000351071 4642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC147067.1-201ENST00000466692 579 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC021491.2-201ENST00000513017 607 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CDK2AP2-205ENST00000531506 634 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC012615.6-204ENST00000587741 477 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC244153.1-202ENST00000617855 482 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TFE3-201ENST00000315869 3415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 GGT1-202ENST00000400380 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ZKSCAN2-201ENST00000328086 7523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ABHD16A-202ENST00000440843 1906 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RNF170-209ENST00000534961 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SRRD-201ENST00000215917 4020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 GRK6P1-201ENST00000400595 1711 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PPP1R13L-202ENST00000418234 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 AC015712.6-201ENST00000431060 5068 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 PIDD1-201ENST00000347755 2998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CERS6-202ENST00000392687 6851 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SOAT1-203ENST00000539888 6794 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SYT9-201ENST00000318881 3955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 TCOF1-202ENST00000377797 5095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ALG1-204ENST00000588623 2671 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms