Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 TLDC2-203ENST00000602922 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 CCHCR1-208ENST00000451521 2587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 SDHAF2-201ENST00000301761 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 LSS-205ENST00000457828 4390 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ATP2B1-AS1-201ENST00000605386 3632 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 COLEC11-201ENST00000236693 1381 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AGER-201ENST00000375055 1369 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 TTYH2-206ENST00000529107 2015 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC091046.1-201ENST00000331871 207 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 TOMM7-201ENST00000358435 778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ESD-202ENST00000378720 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 RASA3-IT1-201ENST00000454005 380 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 POU5F1P2-201ENST00000521750 823 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC090857.1-201ENST00000527400 390 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AP001547.1-201ENST00000527440 374 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC007376.2-201ENST00000556271 540 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ALKBH7-202ENST00000596657 603 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 HPN-206ENST00000597419 1212 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 NDUFB5-216ENST00000611971 951 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 SIRT2-219ENST00000613542 1170 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 KHSRPP1-201ENST00000427983 1768 ntBASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 SLC41A3-211ENST00000508835 1480 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AEN-201ENST00000332810 3117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 HEY1-202ENST00000354724 2293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 CAMK2D-201ENST00000296402 5820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 PRTFDC1-202ENST00000376376 741 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 TMEM14B-202ENST00000379542 975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 RN7SL258P-201ENST00000478664 300 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC116345.2-201ENST00000512837 523 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 MSC-AS1-204ENST00000518916 864 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 MIR3188-201ENST00000583494 85 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 MAP3K14-AS1-210ENST00000592422 831 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 MEG3_2.1-201ENST00000611456 105 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ITGA9-AS1-213ENST00000614028 913 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 CDK7-214ENST00000626796 358 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 CDK7-215ENST00000629350 1149 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 PAK1IP1-201ENST00000379568 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 SMARCA4-201ENST00000344626 5392 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 LINC02076-201ENST00000577684 1871 ntTSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AHCYP4-201ENST00000419201 1315 ntBASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 EID1-201ENST00000530028 2298 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 SUOX-204ENST00000394115 2394 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 SMTNL1-202ENST00000527972 1649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 RAN-210ENST00000541630 1475 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 CRB3-201ENST00000308243 631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AL451042.2-201ENST00000424774 904 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 CEP164P1-201ENST00000455142 418 ntBASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 GUSBP1-202ENST00000508260 1012 ntTSL 2 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC106738.2-201ENST00000559802 557 ntTSL 4 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ZFR2-208ENST00000592398 532 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ROPN1-211ENST00000620893 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ADH5-213ENST00000626055 1299 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 AC004706.3-207ENST00000634823 977 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 CELF3-201ENST00000290583 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC18.42■□□□□ 0.54
TRIM28Q13263 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.42■□□□□ 0.54
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