Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 SCARB2-227ENST00000640957 3255 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 GTPBP1-201ENST00000216044 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 RAPGEF3-218ENST00000548919 2776 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 OSBPL5-201ENST00000263650 3889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 UBE2D3-210ENST00000453744 3990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 CNKSR2-203ENST00000425654 5668 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 SEZ6L-209ENST00000529632 6534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 GRIK4-208ENST00000638419 3593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 SLC22A20-202ENST00000525437 3196 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 MROH1-209ENST00000534366 5092 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 RNF145-202ENST00000424310 3613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 RRAGB-202ENST00000374941 2061 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 FZD6-206ENST00000523739 2774 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 DNAJB6-201ENST00000262177 2527 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 RBP1-203ENST00000483943 1935 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 AC015909.5-201ENST00000624336 2266 ntBASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 YTHDF3-205ENST00000539294 5163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 SSTR3-201ENST00000610913 4100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 GRIN1-207ENST00000371560 3640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 VAC14-AS1-201ENST00000398177 2145 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PEX5L-211ENST00000472994 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PROKR1-201ENST00000303786 4273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PHLDB2-203ENST00000412622 5996 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 CBX3-202ENST00000396386 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 AC015712.2-202ENST00000560068 3213 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 FBLIM1-201ENST00000332305 1530 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 DDX31-204ENST00000372159 4577 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 ZNF641-201ENST00000301042 4544 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 HIPK3-201ENST00000303296 7408 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 HIF3A-202ENST00000244303 2250 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 FAM41C-202ENST00000432963 504 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 C11orf74-203ENST00000446510 1062 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 GNAO1-210ENST00000569295 930 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 TNFRSF13B-203ENST00000579315 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PSIP1-203ENST00000380733 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 OPN5-202ENST00000371211 1801 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 NCBP2-204ENST00000427641 1946 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 ZKSCAN2-201ENST00000328086 7523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 LINC00479-201ENST00000412102 2033 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PDK2-203ENST00000503176 3440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 IL17RA-204ENST00000612619 8506 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 ZNF618-207ENST00000615615 9289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PRDM16-206ENST00000511072 4282 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 LPO-201ENST00000262290 2979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 TIGD1-201ENST00000408957 2625 ntAPPRIS P1 BASIC15.44■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 KCNAB2-219ENST00000602612 2396 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PLD2-201ENST00000263088 3503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 KRT27-201ENST00000301656 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 CES3-201ENST00000303334 3834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 ISY1-203ENST00000393295 3842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 ARAP3-201ENST00000239440 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 SPHK2-201ENST00000245222 2963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 KHNYN-201ENST00000251343 6725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 OTP-201ENST00000306422 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 WIZ-202ENST00000389282 4067 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
IFT88Q13099 TOX2-202ENST00000358131 2605 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms