Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USH1CQ9Y6N9 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USH1CQ9Y6N9 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms