Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SMARCAL1Q9NZC9 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SMARCAL1Q9NZC9 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SMARCAL1Q9NZC9 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms