Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

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Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
SCN3AQ9NY46 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC21.8■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
SCN3AQ9NY46 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC21.77■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
SCN3AQ9NY46 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
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