Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
RPF1Q9H9Y2 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.93■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
RPF1Q9H9Y2 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.87■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
RPF1Q9H9Y2 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 100.1 ms