Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
VPS39Q96JC1 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS39Q96JC1 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS39Q96JC1 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 133.2 ms