Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CLIP3Q96DZ5 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC22■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC21.98■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
CLIP3Q96DZ5 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
CLIP3Q96DZ5 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms